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Initiative de recherche stratégique PREDICT : Biologie prédictive pour la Santé

Publié le 18/12/2018
Mots-clés : BREVES

A fois multidisciplinaire et multicommunautaire, cette initiative rassemble des équipes en sciences animales et des plantes, recherche médicale, biologie fondamentale et infectiologie, biostatistique et modélisation, éthique et droit. PREDICT crée un espace de recherche et de réflexion pour promouvoir des actions sur le thème de la prédiction pour la santé et s’inscrit dans une démarche sociétale avec l’appui de la Maison des Sciences de l’Homme de Paris-Saclay.

La médecine prédictive renouvelle les pratiques thérapeutiques. Elle se déploie, notamment, grâce à l’acquisition massive de données biologiques, comportementales, sociologiques, permettant d’établir des prédictions sur la base d’informations génomiques et environnementales.

Ces approches prédictives pour la santé sont également au cœur des recherches conduites actuellement chez les animaux et les plantes, avec comme objectif commun de favoriser la résistance aux pathogènes et aux stress environnementaux tout en réduisant l’usage des antibiotiques et des produits phytosanitaires, afin de promouvoir la transition écologique en agriculture.

Dans un contexte scientifique et socio-économique où les recherches en santé sont encore largement conduites en silos, des souhaits de décloisonnement thématiques émergent. L’initiative One Health (Un Monde, Une Santé), qui vise à associer les recherches en santé humaine et santé animale, en lien avec l’environnement, est emblématique de cette démarche. L’ancrage des équipes INRA dans l’Université Paris-Saclay crée des opportunités originales sur le thème de la biologie prédictive pour la santé, avec la possibilité de mettre en regard médecine et agriculture de précision. PREDICT en est une déclinaison.

Trois actions complémentaires ont été proposées:

  1. créer une animation scientifique à l’interface des sciences de la vie et des sciences humaines et sociales ; 
  2. mettre en place un réseau méthodologique sur l’analyse de données hétérogènes et complexes à des fins de modélisation prédictive ;
  3. développer des méthodes robustes et sensibles pour la détection à grande échelle dans les fluides biologiques de miARN circulants en tant que biomarqueurs d’intérêt chez l’homme, les animaux et les plantes.

Parmi les résultats:

  • publication des actes du colloque préparé avec la Maison des Sciences de l’Homme de Paris-Saclay sur le thème « Approches prédictives pour la santé : regards croisés sur les enjeux socio-économiques et scientifiques chez l’Homme, les animaux et les plantes ».
  • deux workshops sur l’analyse des données dont les programmes et présentations sont disponibles en ligne. Le workshop organisé à Jouy-en-Josas sur « Intégration de données hétérogènes et de haute dimension pour la découverte de biomarqueurs prédictifs » a rassemblé une centaine de participants. Le workshop sur « Deep learning et génomique » organisé à l’INRA de Versailles a rassemblé environ 200 participants, témoignant du vif intérêt porté aux méthodes liées aux réseaux de neurones, qui connaissent un spectaculaire regain d’intérêt avec le « Deep Learning » appliqué à des données massives. 
  • Comparaison de différentes approches méthodologiques pour la détection de miRNA circulants contenus dans des fluides biologiques humains, animaux et végétaux, et identification de la méthode la plus sensible et la plus fiable (neuf équipes de Paris Saclay contributrices).

Les interactions avec la communauté des SHS de Paris-Saclay renforcent les opportunités de construction de projets interdisciplinaires. Le pari d’associer des équipes travaillant sur les animaux, les plantes et l’Homme concrétise la possibilité de décloisonner les silos thématiques, en particulier sur des questions partagées de santé globale (de la santé des uns dépend la santé des autres).
Le réseau méthodologique sur l’analyse et l’intégration de données multi-niveaux de grande dimension rejoint le réseau PsayCompBio piloté par un enseignant chercheur de Paris-Sud, favorisant sur le long terme une dynamique en biologie computationnelle, à l’interface entre mathématique appliquée, bio-informatique et biologie.
Le réseau méthodologique sur la détection multi-espèces de biomarqueurs dans les fluides biologiques organisera un séminaire de restitution en février 2019.

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